A fluoreszcens vizsgálatokban ma már egyre elterjedtebb a konfokális lézer szkenning mikroszkóp használata, mely a minta egy adott mélységében készít képet, így biztosítja, hogy ne lássunk hamis kolokalizációt az egyes síkok egymásra vetülése miatt.
1/8. ábra Konfokális lézer szkenning mikroszkópos felvétel PGP9.5 (piros- Cy3) és GABA (zöld - FITC) dupla jelöléses immunhisztokémiai festés után. A PGP9.5 az entericus neuronok sejttestét és nyúlványait jelöli. A neuronok kis hányada a PGP9.5 mellett GABA-t is tartalmaz, ezekben a neuronokban a két fluoreszcens festék együtt sárga jelet ad. 400x