A Golgi-apparátus szintén egy jellegzetes háromdimenziós membránstruktúra. Nagyon fejlett az aktív szekréciót végző sejtekben. A Golgi lumenében történik meg a fehérjék végső kialakítása (poszttranszlációs módosítás), s innen indul el a szekretórikus fehérjék, valamint a lizoszómális fehérjék vezikuláris, irányított transzportja. A Golgi apparátust alkotó ciszternák polarizáltak. A konkáv (cisz) felszínét formálódó felszínnek nevezzük. Ide érkeznek a DER vezikulák a frissen megszintetizált fehérjékkel. A domború oldala (transz) az érő oldal, innen válnak le azok a vezikulák, amelyek már az érett szekréciós fehérjéket szállítják a plazmamembránhoz. A Golgi rendszer fontos szerepet játszik a lizoszómák kialakításában.

2/6. ábra Patkány vékonybeléről készült transzmissziós elektronmikroszkópos felvétel. (zöld nyíl-Golgi-ciszternák, zöld nyílhegy-Golgi-vezikulumok, piros nyíl-durva felszínű endoplazmatikus retikulum, piros nyílhegy-riboszómák) 25000x

2/7. ábra Golgi-apparátus transzmissziós elektronmikroszkópos képe. (nyíl-Golgi-ciszternák, nyílhegy-Golgi-vezikulumok) 96000x