A kettős vagy többjelöléses vizsgálatoknál nagyon fontos, hogy az egyik anyag jelölése ne fedje el a másik anyagét, ezért legjobb, ha különböző színű fluoreszcens festékeket alkalmazunk. Így ha az egyik molekulát piros, a másikat zöld szín jelzi, kolokalizáció (együttes előfordulás) esetén sárga színt látunk a fluoreszcens mikroszkópban.

1/7. ábra Fluoreszcens mikroszkópos felvétel entericus neuronokról neurofilament immunfestés után. A neurofilament fehérjét zölden flureszkáló festékkel (FITC) tettük láthatóvá. 1000x