Az eukarióta sejtek működésének szabályozásában meghatározó szerepet játszanak a lizoszómák, mivel részt vesznek az intracelluláris emésztés folyamatában. A lizoszómák olyan vezikulák, amelyek hidrolitikus enzimaktivitással rendelkező fehérjéket szállítanak. Ezek a fehérjék szignalizációs jeleket közvetítenek, amelyek lehetővé teszik azt, hogy a lizoszómák más transzport vezikulákkal, pl. az endocitotikus vezikulákkal fúzionáljanak, s így szabályozzák a sejten belül lejátszódó hidrolitikus folyamatokat. A Golgi rendszerben újonnan képződő lizoszómák az elsődleges vagy primer lizoszómák. Amikor egy primer lizoszóma fúzionál egy másik, pl. endocitotikus vezikulával, kialakul a másodlagos vagy szekunder lizoszóma. Hosszú életidejű sejtekben, mint pl. az idegsejtekben gyakran láthatók ún. reziduális testek, ezek olyan vezikulák, amelyekben emésztetlen anyagok halmozódnak fel.

A peroxiszómák vagy mikrotestek membránnal körülvett, kb. 0,5 µm-es struktúrák. Sok sejttípusban előfordulnak, de a leggyakoribbak a májban és a vesében. A peroxiszómák kataláz enzimet tartalmaznak, ami a hidrogén peroxid hidrolízisét katalizálja. Így a peroxiszómáknak feltehetően fontos szerepe van a sejtek antioxidáns védelmében. Ezen túlmenően a peroxiszómák szerepet játszanak a purinok, D-aminosavak és lipidek degradációjában is. A peroxiszómákban lévő proteinek a citoplazmatikus riboszómákon szintetizálódnak, s valamilyen receptor által közvetített módon jutnak át a peroxiszómába.